Отечественная нейропсихология опирается на идеи А. Р. Лурии о системной организации высших психических функций. Это значит, что внимание, память, чтение, письмо, речь, счет и произвольность нельзя привязать к одной «кнопке» в мозге. Они складываются из работы целой функциональной системы. Т. В. Ахутина развила эти идеи применительно к детям и обучению, показав, что школьные трудности часто связаны не с нежеланием учиться, а с неровным онтогенезом ВПФ.
Поэтому детский нейропсихолог работает не с отдельным симптомом в вакууме, а с его функциональной основой. Если ребенок не может запомнить правило, важно понять, страдает ли слухоречевая память, быстро ли падает тонус, есть ли трудности программирования действий, как работает межполушарное взаимодействие, какие зрительно-пространственные функции мешают письму или чтению.